Seu nome verdadeiro é Scott Summers tem 18 anos foi o primeiro recruta do professor Xavier. Ele tem o poder de disparar rajadas ópticas por um acidente que aconteceu com ele, mas não consegue controlá-los. Para isso ele usa óculos feitos de quartzo-rubi que impedem os raios de serem disparados. É apaixonado pela sua melhor amiga Jean Grey. 
Também conhecida como Garota Marvel no X-Men original; tem 18 anos. Ela é a mutante mais poderosa do Instituto. Tem poderes telepáticos e telecinéticos, podendo levitar objetos, ler mentes, produzir campos de força, voar, entre outros. Ela é apaixonada por Ciclope.
Batizada Anna Marie Raven ela tem 17 anos. Ela tem o poder de absorver os poderes e as memórias dos mutantes que ela toca. Devido ao perigo de seus poderes tem dificuldade para se relacionar com outras pessoas. Por causa dessa fraqueza ela pôde ser facilmente manipulada por Mística, que a usou para libertar o Apocalipse. Se acumular vários poderes e memórias, pode até se tornar a mutante mais poderosa o que é visível no episódio em que ela tem sobre carga de poderes, sendo assim ela é a mutante mais poderosa.
Vampira vence com o bem. Ela pode sugar o poder de um jogador por noite, que não poderá usar o poder aquele dia, por estar desmaiado. É cumulativo, mas só poderá usar um poder por vez. Apresenta-se como Mutante.
Seu nome verdadeiro é Ororo Monroe. Era a deusa de uma tribo africana até ser encontrada pelo professor Xavier. Tem o poder de controlar as forças da natureza, faz o clima variar entre seus extremos, muito poderosa, ela pode produzir raios, chuvas, ventos, neblina, entre outros efeitos. No Instituto ela é a instrutora dos alunos no controle de seus poderes.
Tempestade vence com o bem. Seu poder é relampejar sua fúria de raios num jogador, que ficará em coma por 2 dias, sem poder usar poder noturno nem atirar. Apresenta-se como Mutante.
Seu nome verdadeiro e Logan, Wolverine nasceu no canadá, Wolverine foi usado em uma experiência a Arma X, Willian Strike usou Wolverine para injetar adamantium em seu esqueleto por ter fator de cura pode se curar rapidamente, Wolverine e um dos instrutores do Instituto Xavier junto com Tempestade e Fera, podemos dizer que Wolverine é um dos mutantes mais importante e reconhecido da história dos X-Men.
Seu norme verdadeiro é Charles Francis Xavier. É o fundador do Instituto Xavier para Jovens Superdotados. Ele tem os poderes de Telepatia. 
Seu nome verdadeiro é Kurt Wagner e tem 17 anos ele é um mutante nascido coberto de pelos azuis, cauda, orelhas pontudas, mãos com três dedos e pés com dois dedos. Para conseguir viver normalmente ele usa um indutor de imagens que cria um holograma de garoto normal sob seu corpo. Ele tem o poder de se teleportar e fazer acrobacias passando por uma dimensão paralela. Ele é super ágil graças ao treinamento que teve quando morava com uma cigana no circo. Sua mãe, a Mística, que foi forçada por Magneto a o abandonar quando era pequeno, ele foi encontrado por uma família de ciganos e depois foi para o Instituto aprender a controlar seus poderes.
Seu nome verdadeiro é Katherine (Kitty) Pryde e tem 15 anos. Ela tem o poder de atravessar matéria sólida, continuando intacta. Ela é uma das novatas do Instituto Xavier. É apaixonada por Avalanche.
Lince Negra vence com o bem. Ela pode invalidar 3 tiros na cidade, mandando o nome de 3 jogadores por depoimento, que serão invalidados no dia seguinte. Apresenta-se como Mutante.
Seu nome verdadeiro é Hank McCoy, ele era professor de química e com ela tenta descobrir um meio de parar a mutação, sem sucesso. Ele se tornou uma criatura de pelos azuis com uma incrível força e agilidade. Se tornou o novo professor do Instituto, junto com Tempestade e Wolverine. 
Seu nome verdadeiro é Warren Worthington III. O desenho não mostrou muito, mas ele é um empresario milionario. Ele tem o poder de voar graças às asas que ele ganhou com a mutação. Ele se recusou a se juntar ao grupo de Magneto, mas só muito tempo depois entrou para os X-Men.
Arcanjo vence com o bem. Ele pode imunizar uma pessoa por noite, e, também, ressuscitar até 3 jogadores no jogo inteiro. Apresenta-se como Mutante.
Seu nome verdadeiro é Evan Daniels e tem 15 anos, ele é sobrinho da Tempestade. Ele tem o poder de manipulação óssea, podendo disparar ossos pontiagudos. Depois da descoberta dos mutantes ele sai do instituto e entra para os Morlocks, já que passa a ter uma aparência diferente, característica comum dos Morlocks. Foi um personagem criado especialmente para o X-Men: Evolution, em substituição de Medula. 
Seu nome verdadeiro é En Sabah Nur. Apocalipse foi abandonado quando era criança no deserto do antigo Egito há milhares de anos. Ele foi resgatado por um grupo de saqueadores do deserto onde aprendeu a lutar, se tornando um grande guerreiro. O faraó Rama-Tut, que veio do futuro, tentou matar Apocalipse, mas ele falhou e acabou fugindo, deixando para trás todos os seus equipamentos tecnológicos. Com esse equipamento ele tentou dominar o mundo transformando toda humanidade em mutantes. Na tentativa de concluir seu plano ele acabou enfraquecendo e assim foi preso em uma montanha no Tibet, selado por 3 portas para impedir que ele escape. No presente ele recrutou telepaticamente um mutante chamado Mesmero para libertá-lo. Mesmero conseguiu encontrar as 3 chaves e ultilizou o poder da Vampira para ressuscitá-lo. Com as forças combinadas dos X-Men, da Irmandade e da S.H.I.E.L.D eles conseguiram prender Apocalipse novamente, e ele some nas correntes do tempo.
Seu nome verdadeiro é Eric Magnus Lehnsherr, ele é um dos mutantes mais poderosos de todo o planeta. Ele tem o poder de magnetocinese, ou seja, controlar objetos de metal e criar campos magnéticos. Era um grande amigo de Xavier, mas suas divergências de ideais fizeram eles se separarem. Magneto acredita que mutantes e humanos não podem viver em paz juntos, por isso ele tenta dominar o mundo e assim criar um mundo só para mutantes. 
Seu nome verdadeiro é Wanda Maximoff, ela é filha de Magneto e irmã gêmea de Mercúrio. Quando era criança Magneto a mandou para um centro psiquiátrico quando seus poderes apareceram. Foi necessário pois ela tinha que controlar seus imensos poderes, tais como controle de probabilidades. Mística ajudou Wanda a escapar e pediu para que Agatha Harkness a treinasse para controlar seus poderes e assim lutar pelas causas da Irmandade e para se vingar de seu pai. 
Seu nome verdadeiro é Raven Darkholme. Ela tem o poder de se transformar em qualquer pessoa, coisa ou animal. Ela tem excelentes habilidades de combate e por causa de seus poderes ela é também uma ótima espiã. Ela trabalha para o Magneto, mas já deixou ele em alguns momentos da série. Quando ela se transforma em humana usa o nome de Raven Darkholme, a diretora do colégio de Bayville, assim ela tem a oportunidade de monitorar os alunos do Xavier e os membros da Irmandade. Mística já conseguiu se infiltrar no instituto Xavier e destruí-lo.
Seu nome verdadeiro é Cain Marko, ele é meio-irmão de Xavier (a mãe do Charles se casou com o pai do Cain). Ele tem super-força e invulnerabilidade, atribuídos a um capacete. Ele sempre teve raiva de seu irmão e seu objetivo é matá-lo. Seu capacete impede que Xavier entre em sua mente. Por causa de seus poderes ele se tornou perigoso demais, pois ele se tornou um Juggernaut, e assim prenderam e deixaram-no em animação suspensa.
Seu nome verdadeiro é Victor Creed. Ele tem poder de se regenerar e força e agilidade sobre-humana. Seu maior rival é Wolverine, e sempre lutam quando podem. É o principal comparsa de Magneto. 
Seu nome verdadeiro é Piotr Rasputin. Ele tem o poder de transformar seu corpo em aço orgânico, adquirindo assim super força e resistência. Apesar de trabalhar para o Magneto, ele não gosta muito de seus ideais. Ele, no desenho, só trabalhou para Magneto, porque este fez a sua familia refém.
Colossus vence com o mal. Como ele é muito resistente, os 5 primeiros tiros que receber não serão considerados. A partir daí, ele fica vulnerável. Pode também se imunizar uma vez no jogo. Apresenta-se como Mutante.
Seu nome verdadeiro é Remy LeBeau, e já foi um ladrão. Ele tem o poder de carregar, com energia cinética explosiva objetos que ele segura. Geralmente ele utiliza as cartas de baralho para atacar seus oponentes.
Seu nome verdadeiro é Pietro Maximoff, ele é filho de Magneto e irmão gêmeo da Feiticeira Escarlate. Tem o poder de super velocidade e regeneração. Sempre ajuda seu pai quando ele precisa.
Mercúrio vence com o mal. Devido a sua velocidade e seu poder de regeneração, não pode morrer na cidade, e possui vida extra à noite, sabendo, na primeira vez, o nome do jogador que o tentou matar. Apresenta-se como Spike.
Seu nome verdadeiro é Lance Alvers. Ele tem o poder de criar tremores de terra. Quando a Mística esta fora ele se torna o líder da Irmandade. Ele odeia os X-Men, esse foi um dos motivos para ter entrado na Irmandade. Ele é apaixonado por Kitty.
Callisto é a líder dos Morlocks. Tem os cinco sentidos apurados, super visão, força, audição, sensibilidade, agilidade, regeneração. Aparenta ter uma queda por Spyke. Caliban tem o poder de conseguir rastrear outros mutantes. É um dos membro-chave dos Morlocks. O único mutante que não pode ser rastreado por ele é o Magneto. Facade é um dos principais Morlocks. Pode se camuflar em qualquer lugar, podendo andar através das paredes. Torpid é uma garotinha de aproximadamente 12 anos. Com suas enormes mãos, pode paralisar qualquer um que for tocado. 
